Ressources pour le calcul

Présentation de l'architecture

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De novembre 2003 à novembre 2009, l'Université disposait d'une machine IBM, Regatta p690 comportant 32 processeurs (Power4) pour une puissance de crête théorique de 218 GFlops.

Aujourd'hui, le Centre de Calcul compte un calculateur de type cluster pour les calculs de type parallèle et un serveur dédié aux calculs séquentiels.

Un nouveau calculateur, fourni par BULL et financé par la Région et l'Europe, a été installé à l'Université de la Réunion en novembre 2009. Il met à la disposition des utilisateurs une puissance de calcul crête de 1,92 Tflops obtenus grâce aux processeurs Xeon.

IDENTITE

  • Marque : BULL
  • Modele : Novascale R422
  • Nom : titan
  • Systeme d'exploitation : RHEL Cluster Suite, X BULL Advanced Server

CONFIGURATION
Le supercalculateur Titan est un cluster.
Il dispose de :

  • 20 nœuds de calcul qui comprennent chacun 2 processeurs Xeon E5520 quadri-cœurs cadencés à 2,26 Ghz ainsi que 24 Go de mémoire
  • 1 noeud de calcul qui comprend 2 x 2 processeurs X5570 quadri-coeur cadencés à 2.93 GHz et 72 Go de mémoire
  • 1 noeud de calcul comprenant 4 Intel Xeon octocoeur cadencés à 2,26 ghz ainsi que 132 Go de mémoire (cette extension a été installée en septembre 2010)
  • 2 nœuds dédiés aux entrées-sorties et à l’administration

Les nœuds de calculs sont interconnectés par un réseau Voltaire, basé sur la technologie InfiniBand.
La performance théorique totale est de 1.92 TFlops avec 200 coeurs.

STOCKAGE
L’infrastructure pour le stockage des données offre une capacité disque de 24 To.

LOGICIELS
Le système d'exploitation RedHat RHEL5 et la BAS (Bull Advanced Server) sont sur tous les noeuds.
L'environnement de développement comprend notamment les produits suivants:

  • Gestionnaire de travaux : PBS-Pro Altair
  • Compilateur Intel® C++ , C, Fortran, MKL, IPP, TBB
  • Analyseur de performance: Intel® VTune™ Performance Analyzer
  • Environnement de debug: Intel® Cluster Toolkit, DDT
  • Librairies parallèles : MPIBull2, OpenMPI
  • Librairies scientifiques :

    • Bull Scientific Studio (blacs, lapack, netcdf, ...)
    • Intel Scientific Studio

Depuis avril 2012, un nouveau serveur a été installé et configuré pour le Centre de Calcul.

Ce serveur supplémentaire a été offert par une des équipes de recherche utilisant TITAN. Il répond à des besoins clairement identifiés depuis 2010 pour des demandes de calcul de type séquentiels d'une durée d'exécution supérieure à 24h.


IDENTITE

  • Nom : metis
  • Système d'exploitation : Redhat Enterprise Linux 6

CONFIGURATION

Le serveur METIS comprend :

  • 8 processeurs Quad-Core AMD Opteron(tm) Processor 8350, soient 32 coeurs
  • 31 GB de mémoire

STOCKAGE

Pour le stockage des données, les chercheurs disposent de 1 TéraOctet.

LOGICIELS

Le système d'exploitation RedHat Enterprise Linux 6 est installé sur le serveur.
L'environnement de développement comprend notamment les produits suivants :

  • Gestionnaire de travaux : Torque + Maui
  • Compilateur GNU : C++ , C, Fortran
  • Librairies parallèles : OpenMPI


La liste des outils installés sont sur : wiki.univ-reunion.fr/ccur/index.php/Logiciels_sur_Metis

Logiciels scientifiques

Nom Description Séquentiel/Parallèle Serveur
autodock is a suite of automated docking tools. It is designed to predict how small molecules, such as substrates or drug candidates, bind to a receptor of known 3D structure. Titan
Beast Bayesian Evolutionary Analysis is a cross-platform program for Bayesian analysis of molecular sequences using MCMCSampling Trees Titan
charmm s a versatile and widely used molecular simulation program with broad application to many-particle systems parallèle Titan
Gaussian model complex chemical reactions and substances at the highest available levels of accuracy parallèle Titan
InStruct estimate the self-fertilization rates and cluster individuals into subpopulations simultaneously using genotype data consisting of unlinked markers séquentiel Titan et Metis
MM5 The MM5 modeling system software is freely provided and supported by the Mesoscale Prediction Group in the Mesoscale and Microscale Meteorology Division, NCAR séquentiel Titan
Meso-NH non-hydrostatic mesoscale atmospheric model parallèle Titan
mopac is a popular computer program used in computational chemistry. It is designed to implement semi-empirical quantum chemistry algorithms, séquentiel et parallèle Titan et Metis
MUMPS MUMPS 4.10.0 solves a sparse system of linear equations A x = b using Gaussian elimination. Titan
NetLogo NetLogo is a programmable modeling environment for simulating natural and social phenomena.simulations address content areas in the natural and social sciences including biology and medicine, physics and chemistry, mathematics and computer science, and economics and social psychology Titan
OpenFoam open source CFD software to solve anything from complex fluid flows involving chemical reactions, turbulence and heat transfer, to solid dynamics and electromagnetics parallèle Titan
Phyml PhyML is a phylogeny software based on the maximum-likelihood principle. Early PhyML versions used a fast algorithm to perform Nearest Neighbor Interchanges (NNIs), in order to improve a reasonable starting tree topology. Titan
R free software environment for statistical computing and graphics. Titan et Metis
Structure implements a model-based clustering method for inferring population structure using genotype data consisting of unlinked markers Titan et Metis
dock DOCK uses geometric algorithms to predict the binding modes of small molecules Titan et Metis
gamess program for ab initio molecular quantum chemistry Titan
gromacs GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles. Titan
mrbayes is a free software program which performs Bayesian inference of phylogeny. parallèle Titan
rheolef environnement logiciel pour résoudre les équations aux dérivées partielles par la méthode des éléments finis. Rheolef propose les algorithmes les plus pointus : solveurs préconditionnés pour l'élasticité incompressible, les fluides de Stokes et Navier-Stokes, méthode des caractéristiques de degré élevé pour les problèmes de convection dominante en thermique, etc. parallèle Titan
swan SWAN is a third-generation wave model, developed at Delft University of Technology, that computes random, short-crested wind-generated waves in coastal regions and inland waters. parallèle Titan
mars3d Ce code est dédié à la modélisation océanographique côtière des échelles régionales jusqu’aux échelles littorales (quelques centaines voire dizaines de mètres) et intègre une forte composante environnementale (sédimentologie et biogéochimie). parallèle Titan
scilab Scilab est un logiciel open source gratuit de calcul numérique qui fournit un puissant environnement de développement pour les applications scientifiques et l’ingénierie séquentiel Titan et Metis